بانک چشم مرکزی جمهوری اسلامی ایران دارای دو بخش اصلی مالی – اداری و فنی-تخصصی می‌باشد که هر بخش زیرنظر هیات مدیره و مدیرعامل بانک چشم انجام وظیفه می‌نمایند. قسمت فنی-تخصصی از بخش‌هاي تهیه بافت اهدایی، آزمایشگاه فرآوری و نگهداری بافت، آزمايشگاه سرولوژی، پذیرش، ارسال و بخش کنترل کیفی تشکیل شده که تمام این بخش‌ها زیر نظر مسئول فنی- تخصصی بانک چشم براساس استانداردهای بین‌المللی فعالیت می‌کنند.
در بخش تهیه بافت اهدایی پس از گرفتن تاریخچه قبلی فرد دهنده ازبستگان یا پرونده پزشکی وی و انجام معاینات فیزیکی، احتمال هرگونه بیماری چشمی و یا سیستمیک واگیردار رد شده و چنانچه در تاریخچه قبلی یا معاینات فیزیکی فرد دهنده مشخص شود که وی به علت بیماری هپاتيت، آزمایش سرمی مثبت برای ویروسHTLV و يا AIDS و یا به علت ناشناخته فوت نموده، قرنيه شخص، فرآوري نخواهد شد. کاربر بانک چشم در این بخش موظف به معاینه تمام اعضای بدن فرد دهنده ازجمله چشم‌های وی بوده و در صورت مناسب بودن شرایط فرد دهنده جهت پیوند، پس از تهیه حداقل 5 سی سی خون از دهنده و شستشوی چشم‌ها با سرم و بتادین تحت شرایط استریل با استفاده از شان و وسایل استریل، قرنیه یا تمام کره چشم (بسته به نوع اهدا) را برداشت مي‌کند (شکل). قابل ذکر است که پس از برداشت بافت هیچ‌گونه تغییری در ظاهر صورت دهنده ایجاد نخواهد شد. پس از قرار دادن قرنیه در محلول نگهدارنده ویژه و قراردادن کره چشم در ظروف مرطوب استریل، چشم‌ها تحت دمای 4تا8 درجه سانتیگراد به آزمایشگاه فرآوری و نگهداری بانک چشم منتقل می‌گردند تا پس از جداسازی سرم، آزمایشات مختلف به عمل آيد. در صورت منفی بودن نتایج آزمايش‌ها و مطلوب بودن شرایط قرنیه در معاینه با اسلیت‌لامپ، کره چشم داخل محلول بتادین3درصد به مدت 3 دقیقه غوطه ور گردیده و پس از شستشو با محلول سرم نمکي دیسک قرنیه به‌همراه بخش کوچکی از صلبیه قدامی از کره چشم جدا می‌گردد (شکل) و داخل محلول نگه دارنده قرنیه قرار داده می‌شود (شکل). پس از ارزیابی مجدد قرنیه داخل محلول نگه دارنده با اسليت‌لامپ، انجام شمارش سلول‌های آندوتلیال قرنیه و ارزیابی مساحت سلولی و درصد سلول‌های شش ضلعی به وسيله ميکروسکوپ اسپکولار انجام گرفته و بر اساس نتایج این معاینات، قرنیه از درجه نامطلوب تا عالی درجه بندی می‌گردد.
قرنیه داخل محلول نگهدارنده در دمای 4تا8 درجه سانتیگراد تا 7 تا 10 روز برای پیوند قابل نگهداری می‌باشد. تمام اطلاعات مربوط به دهنده شامل علت و زمان فوت، نتایج معاینات فیزیکی، نتایج آزمایشات سرولوژی به همراه اطلاعات مربوط به قرنیه شامل نتایج معاینه تمام لایه‌ها با اسلیت‌لامپ و نتیجه میکروسکوپ اسپکولار در برگه اطلاعات نهایی جهت ارسال ثبت گردیده و به‌همراه قرنیه مربوطه جهت عمل جراحی پیوندقرنیه ارسال می‌گردد.
به همراه بافت ارسالي از بانک چشم یک فهرست شامل تمام اطلاعات مربوط به دهنده از قبیل سن، جنس، علت و زمان فوت، نتایج معاینات فیزیکی، تاريخچه بيماري سيستميک يا چشمي قبلي، نتایج آزمایشات سرولوژی، نتایج بررسی لایه‌های مختلف قرنیه با دستگاه اسلیت لامپ و میکروسکوپ اسپکولار ارسال می‌شود. لازم به ذکر است که به همراه بافت ارسالي یک فرم مربوط به اطلاعات پس از عمل به جراح ارسال می‌شود که جراح موظف است پس از عمل اطلاعات مربوطه شامل شفافیت، کیفیت قرنیه و پیدایش عوارض احتمالی پس از عمل به خصوص عفونت را به بانک چشم گزارش نماید.
صلبیه باقیمانده نیز پس از تمیز شدن و پاک شدن از رنگدانه‌های چسبیده به آن در الکل مطلق داخل شیشه‌های دربسته در دمای محیط تا یک سال قابل نگه داری می‌باشد که معمولا از آن در جراحی‌های ترمیمی چشم پس از برداشتن کامل کره چشم یا درپیوند صلبیه در نقایص صلبیه استفاده می‌شود.
نحوه پذيرش و ارسال بافت پيوندي
بخش پذیرش موظف به دریافت درخواست جراحان قرنیه از مراکز دولتی و خصوصی در سراسر کشور برای بیماران نیازمند پیوند قرنیه می‌باشد. بیماران نيازمند به مراکز چشم‌پزشکی مراجعه نموده و در صورت نیاز به پیوند قرنیه، برگه‌های پذیرش بانک چشم توسط جراح قرنیه تکمیل گردیده و به بانک چشم جمهوری اسلامی ایران جهت پذیرش بیمار و قرار دادن در لیست پیوند ارسال می‌گردد.
هر روز با درنظر گرفتن شرایط کیفی و کمی قرنیه‌های اهدایی و نوع بیماری قرنیه گیرندگان موجود در لیست انتظار، بخش ارسال، قرنیه مناسب را برای گیرنده مورد نظر جهت پیوند تحت دمای 4تا8 درجه سانتیگراد داخل جعبه‌های ویژه ارسال مي‌شود. پس از پیوند، جراح مسوول موظف به اعلام نتیجه پیوند به‌صورت ثبت شده در فرم گزارش بعد از عمل خواهد بود.
کنترل کيفي
در بخش کنترل کیفی کلیه مدارک مربوط به دهندگان، نتایج سرولوژی، اطلاعات قرنیه‌ها و صلبیه‌ها و اطلاعات مربوط به گیرندگان بعداز عمل پیوند مورد ارزیابی مجدد قرار گرفته و کلیه مدارک هم به‌صورت فایل الکترونیکی و هم به‌صورت مدارک اداری بایگانی می‌گردند.